Pese a que existen argumentos jurídicos para que la causa siga su curso en la Justicia Federal, finalmente se decidió que parte de ella permanezca bajo la órbita de la Justicia local. El hecho genera el repudio de muchos sectores juristas y políticos que señalan que muy posiblemente la investigación no avance, justamente por la falta de independencia de la justicia salteña.
La Cámara Federal de Apelaciones de Salta decidió que el caso de las facturas apócrifas, evasión fiscal e irregularidades en las contrataciones de obra pública, decidió que gran parte de la causa siga su curso en la vía judicial, tras la declaración de incompetencia de la Justicia Federal. Además se determinó que Matías Huego seguirá detenido.
El documento federal, para justificar la incompetencia parcial en razón de lo investiga, versan que “(…) gran parte de las conductas delictivas que habrían llevado a cabo los imputados son inescindibles de la asociación ilícita tributaria que investiga la justicia federal y en ese sentido apunta que los delitos no pueden juzgarse en forma independiente y aislada sin el riesgo de atomizar la causa en perjuicio de la eficacia de la investigación, ya que no parece claro que los hechos por los que el juez se declaró incompetente sean autónomos de aquellos que, por el contrario, y en todas las operaciones relacionadas con los organismos públicos provinciales, aparecen relacionados (…). Por ese motivo, la justicia local solo investigará lo que corresponde con el fraude a la Administración Pública loca, es decir, lo referido a las contrataciones con irregularidades de la que participaron funcionarios municipales.
Por otro lado, la misma Cámara determinó que Matías Huergo debe seguir detenido, ya que se corre el riesgo de entorpecimiento de la investigación. El argumento que se esgrimió en el expediente relata que: “hasta tanto no se concluyan con los análisis preliminares de las pruebas colectadas en orden a superar la imprecisión que surge del requerimiento de instrucción inicial, cuya base utilizó el Instructor para calificar los hechos denunciados, esta Sala considera que la decisión resulta prematura, siendo necesario aclarar que lo aquí resuelto no causa estado, porque a medida que avance la pesquisa se podrán adoptar eventualmente las medidas cautelares que se consideren pertinentes”.
Los casos de corrupción en Salta que tuvieron funcionarios involucrados, muy pocas veces se han resuelto con la prisión u otro tipo de condena para los implicados. Por ese motivo, no hay demasiadas esperanzas respecto de este escándalo, ni siquiera con la cantidad de pruebas y el calibre de los funcionarios participantes.